Sostituire il carattere jolly MySQL

Utilizzo di SUBSTRING_INDEX :

UPDATE table1 
   SET column1 = REPLACE(
         column1, 
         SUBSTRING_INDEX(column1, '/', 2),
         'newsite.com' 
       )
 WHERE column1 LIKE 'example.com/%/'

Questo dovrebbe rispettare la struttura della tua sottocartella.