Rimozione dell'ultima virgola all'interno del ciclo while - PHP

Il tuo intero approccio è sbagliato, non dovresti provare a creare JSON a mano. Metti tutte le righe in un array e lascia json_encode() fai tutto per te.

$result = array();
while ($r = mysql_fetch_assoc($sth)) {
    $result[] = $r;
}
echo json_encode($result);