Dipende dalla fase in cui si trova la tua query in questo momento. Ma in genere il rollback richiede circa lo stesso tempo, a volte anche più dell'operazione originale.
Secondo il punto 2 di questo documento , non è proprio consigliabile.
Inoltre, assicurati di verificare la tua versione di MySQL poiché ha un bug MOLTO brutto con il rollback delle query di eliminazione/aggiornamento in alcune versioni come da questo articolo
Il riavvio/l'interruzione del processo MySQL non sarà di aiuto poiché il rollback riprenderà al riavvio.