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Cosa accadrà se uccido un'enorme query MySQL InnoDb DELETE?

Dipende dalla fase in cui si trova la tua query in questo momento. Ma in genere il rollback richiede circa lo stesso tempo, a volte anche più dell'operazione originale.

Secondo il punto 2 di questo documento , non è proprio consigliabile.

Inoltre, assicurati di verificare la tua versione di MySQL poiché ha un bug MOLTO brutto con il rollback delle query di eliminazione/aggiornamento in alcune versioni come da questo articolo

Il riavvio/l'interruzione del processo MySQL non sarà di aiuto poiché il rollback riprenderà al riavvio.