Quello che vuoi cambiare in effetti sono i colori per l'evidenziazione della sintassi. Questi colori sono archiviati in un file xml e attualmente non esiste una GUI per cambiarli. Ma puoi modificare direttamente il file xml (riavvia MySQL Workbench per raccogliere eventuali modifiche). Cerca il file code_editor.xml nella directory di installazione di MySQL Workbench.
Ci sono sezioni per ogni server MySQL supportato come:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<languages>
<language name="SCLEX_MYSQL">
<!-- This is the base language setting. It's usually not directly used, but provides values shared by
more specialized MySQL versions. -->
<!-- Lexer properties -->
<property name="fold" value="1" />
<property name="fold.compact" value="0" />
<property name="fold.comment" value="1" />
...
<style id="1" fore-color="#A0A0A0" /> <!-- SCE_MYSQL_COMMENT -->
<style id="2" fore-color="#A0A0A0" /> <!-- SCE_MYSQL_COMMENTLINE -->
...
</language>
...
</languages>
Esistono tag di stile numerici, ciascuno dei quali specifica un colore di primo piano e di sfondo (e uno stile come grassetto, corsivo) per ogni tipo di token. Qui è dove puoi regolare i colori a tuo piacimento. Fai una copia del file originale nel caso sia necessario ripristinarlo.