Come posso modificare due diverse intestazioni di colonna di una tabella di database preesistente in sqlalchemy?

Sembra che tu stia sovrascrivendo il primo valore dopo la seconda sostituzione. Spero di concatenare il .replace funziona:

@event.listens_for(Table, "column_reflect")
def reflect_col(inspector, table, column_info):
   column_info['key'] = column_info['name'].replace(' ', '_').replace('1st_time', 'secondcheck')

[MODIFICA]: Devi anche assicurarti che le modifiche non si scontrino.

Poiché in questo esempio la prima modifica sostituisce gli spazi con il trattino basso, devi adattare la seconda sostituzione, poiché è già chiamata 1st_time quando viene chiamata la seconda sostituzione.