Elimina le righe duplicate con un conteggio maggiore di 1 in mysql

In MySQL non puoi selezionare contemporaneamente da una tabella da cui stai eliminando. Ma con una tabella temporanea puoi superare questo problema

DELETE FROM `users_acl` 
WHERE userID IN
(
    SELECT * FROM
    (
       SELECT userID
       FROM `users_acl`
       GROUP BY userID 
       HAVING COUNT(userID) > 1
       AND SUM(`acl` = 4) > 0
   ) tmp
);

oppure usa un join invece

DELETE u
FROM `users_acl` u
JOIN 
(
    SELECT userID
    FROM `users_acl`
    GROUP BY userID 
    HAVING COUNT(userID) > 1
    AND SUM(`acl` = 4) > 0
) tmp on tmp.userID = u.userID