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Due cose:

1.Cambia

echo "<select name='train_name' id='train_name' multiple='multiple'>";

a

echo "<select name='train_name[]' id='train_name' multiple='multiple'>";

2.Cambia

function getAllAssoc() {
        $sql = "SELECT * FROM train_information WHERE train_name = :train_name";
        $sth = $this->pdo->prepare($sql);
        $sth->bindParam(":train_name", $_POST["train_name"]);
        $sth->execute();
        return $sth->fetchAll();
    }

a

function getAllAssoc() {
        $sql = "SELECT * FROM train_information WHERE train_name IN(:train_name)";
        $sth = $this->pdo->prepare($sql);
        $sth->bindParam(":train_name", implode(",",$_POST["train_name"]));
        $sth->execute();
        return $sth->fetchAll();
    }

Basta regolare le virgolette nella query poiché non ho testato questo codice e sento che ci sarà un problema con le virgolette singole.

Ciò che è stato fatto sopra è che abbiamo preso gli input in un array e di conseguenza abbiamo recuperato i risultati in base a questo input di array.

Spero che tu abbia l'idea!!