Questa in realtà non è un'impostazione in my.cnf (o my.ini in questo caso). mySQL ottiene questa impostazione dalle regole di confronto del database (quando è stato creato). Per ottenere questo in linea con la codifica utf8 che desideri, fai questo:
ALTER DATABASE databasename CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;
quindi fai un riavvio su mysql (non ricordo se è necessario), seguito da a:
SHOW VARIABLES;
Tutto dovrebbe andare bene, spero di esserti stato d'aiuto!
nota a margine:penso default-character-set è deprecato al giorno d'oggi (mySQL 5.5+) e sembra rendere il file di configurazione irrequieto.
