Un INSERT , UPDATE o DELETE operazione blocca le tabelle rilevanti [myISAM] o le righe [InnoDB] fino al completamento dell'operazione. Se un SELECT entra cercando di leggere un oggetto bloccato, attenderà il completamento dell'operazione.
Vale la pena notare che, a meno che il tuo server non sia terribilmente sovraccarico, o il tuo INSERT /UPDATE /DELETE numero di operazioni nelle molte migliaia di righe, o entrambe, non ti accorgerai nemmeno dell'attesa.
In breve:non preoccuparti nemmeno di ciò che hai descritto.