Controlla se il nome utente esiste già utilizzando PHP

Stai aggiungendo manualmente spazi intorno al tuo nome utente in modo che sembri non esistere:

$query = "SELECT * from User WHERE username=' ".$username." ' ";
                                             ^             ^

Dovrebbe essere:

$query = "SELECT * from User WHERE username='".$username."' ";

L'uso di una dichiarazione preparata eviterebbe quel problema e potenziali problemi di iniezione di sql in una volta sola:

$query = "SELECT * from User WHERE username=?";

Assicurati inoltre di utilizzare in modo coerente i nomi delle tabelle e delle colonne:User non è necessariamente lo stesso di user .

Nota anche che non dovresti mai memorizzare password in testo normale in un database, dovresti sale e sminuzzali .