Le transazioni sono atomiche solo rispetto ad altre connessioni al database che tentano di utilizzare gli stessi dati, ad es. altre connessioni vedranno no modifiche apportate dalla transazione o tutte i cambiamenti; "atomico" significa che nessun'altra connessione al database vedrà uno stato intermedio con alcuni dati aggiornati e altri no.
Il codice PHP tra le query non interromperà l'atomicità e non importa dove prepari le tue istruzioni.