Anche se non sono sicuro di cosa attivi specificamente il problema (sembra che una connessione aperta possa in qualche modo finire in uno stato interrotto sul lato del cluster RDS), sembra che il problema sia esasperato dal pool di connessioni aggressivo e dal riutilizzo su lato client che si verifica nel connettore MySQL .NET.
Una volta che si verifica il problema, le connessioni interessate sembrano rimanere nel pool, essere prelevate arbitrariamente dal pool e riutilizzate più e più volte. (Probabilmente correlato al modo in cui vedi che il problema continua a verificarsi casualmente una volta iniziato.)
Aggiunta di Connection Lifetime=x
alla stringa di connessione, essendo x il tempo in secondi in cui una connessione viene mantenuta attiva per il riutilizzo, sembra quantomeno ridurre i sintomi.
