Ci sono un paio di buone opzioni. Non userei la strategia "ripristina un backup".
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Scrivi tutte le modifiche allo schema e fai in modo che il tuo server CI esegua quegli script sul database. Disponi di una tabella delle versioni per tenere traccia della versione corrente del database ed esegui gli script solo se sono per una versione più recente.
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Usa una soluzione di migrazione. Queste soluzioni variano in base alla lingua, ma per .NET utilizzo Migrator.NET. Ciò ti consente di eseguire la versione del database e di spostarti su e giù tra le versioni. Il tuo schema è specificato nel codice C#.