Controlla old_passwords
opzione nel tuo my.cnf
file.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-options.html#option_mysqld_old-passwords
Se per qualsiasi motivo non riesci a passare a nuove password, non puoi utilizzare mysqlnd
come driver MySQL e devi tornare a quello precedente.
Qualche informazione in più su mysqlnd
http://dev.mysql.com/downloads/connector/php-mysqlnd/