site.cfg nella stessa directory di setup.py stava cercando la chiave di registro sbagliata, alla fine del file c'è
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Sono entrato nel registro e ho trovato HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ e ho visto invece che avevo 5.1,
segnalando ora un altro errore, ma questa domanda è almeno risolta;)