Sposta $path = "images/"; all'interno del ciclo for. Altrimenti stai aggiungendo il nome del file senza ripristinarlo dopo ogni iterazione. In realtà, non è affatto necessario utilizzare una variabile per quel prefisso. Puoi semplicemente scrivere 'images/' . md5(uniqid()) . "." . $ext[count($ext)-1] immediatamente.
Per scrivere i valori nel database, puoi eseguire la query anche in ogni iterazione o aggiungere i percorsi a un array che viene trasformato nell'elenco di inserimento separato da virgole in base alla sintassi SQL.
