Errore della colonna sconosciuta di MySQL quando si utilizza ALTER, non capisco il comportamento

Ho avuto lo stesso problema. L'ho risolto eseguendo CHANGE COLUMN (o MODIFY COLUMN) prima di ADD COLUMN.

Nel tuo esempio ciò darebbe la seguente istruzione SQL:

ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;