Come posso disabilitare un ID con incremento automatico dall'aggiornamento in caso di aggiornamento della chiave duplicata?

Deve rendere la chiave primaria la colonna ID, quindi impostare (Frutta, Colore) come chiave univoca. Quindi puoi eseguire la query fornita da @Andrew B Anthony di seguito:

INSERT INTO table (Fruit, Color) VALUES
    Apple, Red)
ON DUPLICATE KEY UPDATE 
Fruit=values(Fruit),
Color=values (Color)