La libreria R mysql dipende da libmysqlclient/libmariadbclient. La caching_sha2_password mancante sembra essere un indicatore del fatto che una vecchia versione di mysqlclient o libmariadbclient non è installata. Solo di recente caching_sha2_password è stato aggiunto a mariadb (3.0.8)
Un'alternativa, come questa risposta , è cambiare l'utente in mysql per utilizzare un diverso meccanismo di autenticazione:
Hai reimpostato l'utente su mysql_native_password:
ALTER USER 'username'@'localhost'
IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password'
Per renderlo predefinito per tutti gli utenti appena creati, cambia l'impostazione my.cnf/my.ini default_authentication_plugin=mysql_native_password
