PDO prepara la dichiarazione e confronta in modalità booleana

Dovresti semplicemente creare una dichiarazione come questa:

$query = 'SELECT COUNT(*) AS total FROM articles WHERE MATCH(title) AGAINST (:query IN BOOLEAN MODE)';
$stmt = $pdo->prepare($query);

E poi associa i parametri:

$keywords = ['php', 'mysql'];
$against = '';
for($i = 0; $i < count($keywords); $i++){
    $against .= ' +' . $keywords[$i];   
}
$stmt->execute(array(
    ':query' => $against
));