Come utilizzare più database usando php?

Non hai bisogno di due connessioni, se entrambi i database si trovano sullo stesso mysql-server e accedi a entrambi come utente unico.

Inoltre non è necessario selezionare un DB.
Utilizza semplicemente il nome del database come prefisso quando specifichi le tabelle:

<?php

mysql_connect("localhost","root","pass") or die(mysql_error());

$query = "SELECT * FROM asteriskcdrdb.cdr";
$result = mysql_query($query)or die(mysql_error());
var_dump($result);

$query2 = "SELECT * FROM pj8v2.tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2)or die(mysql_error());
var_dump($result2);

?>

Il vero problema nel tuo codice è:può esserci solo un DB attivo, dovrebbe funzionare in questo modo:

<?php

$conn1 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd") or die(mysql_error());   
$conn2 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd",true) or die(mysql_error());

mysql_select_db("asteriskcdrdb",$conn1);
$query = "SELECT * FROM cdr";
$result = mysql_query($query,$conn1);

var_dump($result);


mysql_select_db("pj8v2",$conn2);
$query2 = "SELECT * FROM tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2,$conn2);

var_dump($result2);

?>

Sebbene non siano necessarie 2 connessioni, puoi selezionare entrambi i DB utilizzando la stessa connessione.