Secondo la documentazione di MySQL "kill connection thread_id" dovrebbe terminare la connessione associata al thread_id specificato. Ma sembra che ciò non stia accadendo (nel qual caso il thread Java attenderà una risposta per sempre). Forse puoi verificare che la connessione sia effettivamente chiusa usando qualche strumento di rete (es. netstat).
Mi sono imbattuto in connessioni MySQL sospese in precedenza e ho dovuto ricorrere all'utilizzo di socketTimeout Parametro di connessione JDBC (ma attenzione:socketTimeout deve essere maggiore del tempo necessario per completare la query più lunga). Potresti anche provare a utilizzare QueryTimeout per una dichiarazione preparata.
