Ok ho risolto. Ho inserito manualmente mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar nella mia cartella sdk:
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
L'errore cambia in modo più comodo:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Grazie comunque per i suggerimenti
