Assegna un nome alle caselle di controllo in questo modo:
<input type="checkbox" name="chk[]" value="1" />
<input type="checkbox" name="chk[]" value="2" />
e così via, dove i valori sono gli ID di Table1. Quando l'utente preme il pulsante di invio, il POST conterrà i valori delle caselle di controllo selezionate.
Nel tuo PHP, hai quindi
$chkArr = isset($_POST['chk']) ? $_POST['chk'] : array();
$chkArrCSV = implode(',',$chkArr);
Quindi puoi creare la tua query come
$sql = 'SELECT blah FROM blah WHERE id IN '.mysql_real_escape_string($chkArrCSV);
e quant'altro ti serva per sanificare l'input dell'utente.