hai guardato il bollitore di pentaho (o l'integrazione dei dati di pentaho)? http://kettle.pentaho.org/
lo usiamo per copiare e mantenere sincronizzati sistemi di database disparati, come mssql<->mysql, che sembra essere quello che stai chiedendo.
kettle è ancora più potente di così, permettendoti di interrogare database ldap, file di testo semplici, ecc...
il suo strumento di creazione di diagrammi è simile nell'aspetto a quello di Microsoft dts (ma più potente, imho)