Ho usato ampiamente MS SQL Server. La differenza principale è che MS SQL Server funziona solo con la piattaforma Windows. MySQL funziona con tutte le piattaforme. MySQL è open source e ora acquistato da Oracle, quindi nessuno conosce il destino di MySQL. Se lavori con la piattaforma .NET o Windows, suggerirei di lavorare con MS SQL, altrimenti la scelta più ovvia è MySQL. LAMP utilizza MySQL. Le grandi aziende come Facebook utilizzano LAMP e quindi MySQL. Molte banche come Chase utilizzano .NET e quindi principalmente MS SQL Server. Se sei un fan di Windows, scegli il server MS SQL. Se sei un ragazzo che crede nell'open source, scegli MySQL.