Per risolvere questo errore ho inserito questo sul mio App.config:"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
Come mai? Possibile che le configurazioni non stiano fidelizzando la posizione di MySqlEFConfiguration.
Sto usando qui solo MySQL , non so se funziona su SQLServer e Mysql togueter.
Per il tuo problema può essere utile questo link:Link
E puoi avere 2 file configuration.cs separati. Uno per MySql e altro per MSSQL
