La tua tecnica attuale sembra abbastanza pratica. Solo un piccolo cambiamento.
Invece di aspettare l'errore e quindi creare le colonne una per una, puoi semplicemente esportare lo schema, fare una differenza e scoprire tutte le colonne mancanti in tutte le tabelle.
In questo modo sarebbe meno lavoro.
La tua gui sarà in grado di esportare solo lo schema o la seguente opzione su mysqldump sarà utile per scoprire tutte le colonne mancanti.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
La differenza tra dbdump1.sql e dbdump2.sql ti darà tutte le differenze in entrambi i database.