La query dovrebbe essere la seguente, ti sei unito alla stessa tabella e quindi il problema dell'alias univoco. Ho aggiunto l'alias della tabella per una migliore leggibilità.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;