Due problemi che posso vedere:
Manutenzione:sarà difficile apportare modifiche al database (modificare la struttura della tabella, modificare gli SP, ecc.) Se si dispone di migliaia di database. Certo che puoi scrivere le modifiche ma che molti database sono molte più possibilità che qualcosa vada storto. Cosa farai se il tuo script fallisce a metà e sei rimasto con alcuni database che hanno le modifiche e altri no? Inoltre, come ha menzionato un altro poster, che dire della manutenzione di cose come stringhe di connessione, accessi/password, ecc.?
Risorse:non sono sicuro di quali risorse utilizzi ciascuna istanza di un database, ma deve esserci un sovraccarico per l'esecuzione di così tanti database. Se lo dividi su più macchine, ti imbatti di nuovo nel problema di manutenzione sopra.