MySQL mantiene un unico set di buffer per tutti i database. Per quanto riguarda le prestazioni, non importa se le tabelle si trovano in database diversi.
Il tuo caso d'uso è boderline, ma sembra essere un caso ragionevole per l'aggregazione di dati da database separati.
Sarei attento con questa architettura però. Se le tue applicazioni iniziano a condividere più di poche tabelle, chiediti se queste applicazioni sono davvero applicazioni distinte, o piuttosto moduli della stessa applicazione. In quest'ultimo caso, per me avrebbe senso avere tutte le tabelle in un unico database.
Se sei preoccupato per la sicurezza, tieni presente che la maggior parte dei diritti di accesso potrebbe essere concessa su base per tabella (o anche per colonna) .
