Supponendo che ogni ID appaia in entrambe le tabelle (idealmente solo una volta):
update tmpList inner join table1 using (id) inner join table2 using (id)
set table1.ts = tmpList.ts_value, table2.ts=tmpList.ts_value;
Aggiornamento:il semplice utilizzo di left join invece di inner join lo fa funzionare anche per id che si trovano solo in una tabella - la clausola set inapplicabile sembra essere stata semplicemente saltata; Avrei dovuto provarlo prima, a quanto pare.