MySQL:raggruppa per e conta più campi

select project_id, service_id, count(*) as count 
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc

Basta aggiungere service_id al tuo group by e select elenco. Dovrebbe bastare.

MODIFICA -

Come da commento di @Rajah sembra che per l'output previsto, sia necessario utilizzare

order by project_id asc, service_id asc