esegui mysqldump con "--skip-opt" per ottenere i 2 file dump, ad esempio:
mysqldump --skip-opt -u $MY_USER -p$MY_PASS mydb1 > /tmp/dump1.sql
mysqldump --skip-opt -u $MY_USER -p$MY_PASS mydb2 > /tmp/dump2.sql
confronta usando queste opzioni di differenza:
diff -y --suppress-common-lines /tmp/dump1 /tmp/dump2