C'è un modo diverso di implementare questo programma senza utilizzare il ciclo while nidificato?

Poiché tutti i dati utilizzati nel INSERT istruzione deriva dalle tue istruzioni "SELECT", non ha senso fare il viaggio di andata e ritorno extra tra la tua app java e il database. L'esecuzione di tutto in un'unica istruzione SQL ti darà le migliori prestazioni.

La tua istruzione SQL dovrebbe essere così

INSERT INTO snomedinfo_data (refid,id,effectivetime,active,moduleid,conceptid,languagecode,typeid,term,caseSignificanceid)
SELECT d.refid, d.id, d.effectivetime, d.active, d.moduleid, d.conceptid, d.languagecode, d.typeid, d.term, d.caseSignificanceid
FROM snomed_descriptiondata d
JOIN snomed_conceptdata c ON c.id = d.conceptid AND c.active = 1 AND d.active = 1

E il tuo codice java può essere ridotto a questo

try {
    oRoot = Root.createDbConnection(null);
    String sql = "INSERT INTO snomedinfo_data...";
    oPrStmt = oRoot.con.prepareStatement(sql);
    oPrStmt.executeUpdate();
}