Come posso inserire una "clausola if" in una stringa SQL?

Per la tua richiesta specifica, puoi fare:

UPDATE purchaseOrder
    SET purchaseOrder_status = 'COMPLETED'
    WHERE purchaseOrder_ID = '@purchaseOrder_ID' and
          not exists (SELECT *
                      FROM itemsOrdered WHERE purchaseOrder_ID = '@purchaseOrdered_ID' AND status = 'PENDING'
                     )

Tuttavia, potrei immaginare che tu stia eseguendo un loop a un livello superiore. Per impostare tutti questi valori, prova questo:

UPDATE purchaseOrder
    SET purchaseOrder_status = 'COMPLETED'
    WHERE not exists (SELECT 1
                      FROM itemsOrdered
                      WHERE itemsOrdered.purchaseOrder_ID = purchaseOrder.purchaseOrdered_ID AND
                            status = 'PENDING'
                      limit 1
                     )