campo separato da virgole da confrontare in MySQL

Puoi utilizzare FIND_IN_SET :

SELECT seat
FROM sub_table AS t1
WHERE EXISTS (SELECT 1
              FROM main_table AS t2
              WHERE FIND_IN_SET(t1.seat_id, t2.seat_id) <> 0)

Tuttavia, suggerirei di normalizzare la tabella main_table , poiché è sempre una cattiva idea memorizzare valori separati da virgole in un unico campo come fai tu.

Dimostrazione qui