Sistema di messaggistica con PHP/MySQL

SELECT messages.* FROM messages, (SELECT MAX(id) as lastid FROM messages 
WHERE receiver = 13 OR sender = 13 
GROUP BY CONCAT(LEAST(receiver,sender),'.',GREATEST(receiver,sender))) as conversations
WHERE id = conversations.lastid
ORDER BY timestamp DESC

ciò di cui hai bisogno è un ID conversazione univoco tra i partner di chat. l'ho simulato con la sottoquery, spero che questo aiuti