La query di selezione multipla PHP PDO elimina costantemente l'ultimo set di righe

Penso che tu abbia finito di complicare le cose con il tuo ciclo fare/mentre.

Prova invece un semplice ciclo while:

$pdo = /* connection stuff here */
$sql = "select 1; select 2; select 3; select 4;";
$statement = $pdo->query($sql);

while($rowset = $statement->fetchAll()){
    //do stuff

    $statement->nextRowset();
}

Questo continuerà a scorrere mentre il set di righe non ha un valore falso che dovrebbe quindi funzionare esattamente come previsto.