Non puoi combinarli in un comando, ma puoi eseguire entrambi i comandi contemporaneamente e generare output nello stesso file.
mysqldump -u user -p --no-data db > structure.sql; mysqldump -u user -p db table1 table2 >> structure.sql
per evitare di dover inserire la password due volte puoi fare -ppassword (notare la mancanza di spazio!). Usa anche --no-data nel primo comando o finisci anche con i dati. -d non è necessario quando stai facendo un solo database.
