L'errore è spiegato molto chiaramente nel messaggio di avviso, sta ignorando il tuo my.cnf
.
Prova a eseguire quanto segue, quindi a riavviare il server
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Questo imposterà il proprietario del file su mysql e le autorizzazioni 600 darà solo all'utente mysql l'accesso in lettura e scrittura al file, non consentirà l'accesso a tutti gli altri utenti.