Fare riferimento alla prima query come a una sottoquery nella seconda:
$query = "SELECT * from CatalogueItems WHERE itemID IN ";
$query .= "(" . $querystring . ")";
Questo è preferibile al tuo approccio attuale, perché abbiamo solo bisogno di fare un solo viaggio al database.
Nota che dovresti idealmente utilizzare le dichiarazioni preparate qui. Quindi la tua prima query potrebbe essere simile a:
$stmt = $conn->prepare("SELECT itemID from mycart where email = ?");
$stmt->bind_param("s", $email);