Sicuramente sceglierei un ORM, almeno se stai lavorando a un grande progetto, per il quale non vuoi usare mysqli_* o direttamente funzioni/metodi PDO -- Dottrina
essendo il più sviluppato/usato, al giorno d'oggi (è l'ORM predefinito di symfony Framework e può essere integrato abbastanza facilmente in Zend Framework) .
Informazioni su E_DEPRECATED errori, però:PHP 5.3 è piuttosto giovane e molte librerie/software/progetti non sono stati ancora adattati -- probabilmente ne avrai molti nei prossimi due mesi :-(
