Prima di tutto, se lo scopo della query è solo quello di controllare la sintassi, non eseguirla! esegui spiega o aggiungi limite 0 o esegui su database vuoto.
Per quanto riguarda l'uccisione, devi connetterti al database con privilegi di root ed emettere il comando KILL (ma è necessario conoscere l'ID della query). Oppure puoi uccidere l'intero thread. Dai un'occhiata a mysqli::kill
Modifica:sembra che tu non abbia bisogno dei privilegi di root, per vedere le query del tuo utente, usa il comando SHOW PROCESSLIST
