Prova a ottenere la query che CodeIgniter sta eseguendo utilizzando il codice seguente:
$this->db->last_query();
Pubblica anche la query che stai utilizzando per interagire con MySQL, solo per confermare che la stessa identica query viene eseguita.
CodeIgniter ha un hack per MySQL che regola la segnalazione delle righe interessate, tuttavia avevo l'impressione che fosse solo per le query DELETE. Se guardi system/database/drivers/mysql/mysql_driver.php o system/database/drivers/mysqli/mysqli_driver.php (qualunque sia il driver che stai usando e guarda la variabile var $delete_hack = TRUE; . Potrebbe valere la pena provare a modificare ciò potrebbe influire sul risultato?
