Non usi SQLAlchemy invece di MySQLdb:usi SQLAlchemy per accedere a qualcosa come MySQLdb, oursql (un altro driver MySQL che ho sentito è più bello e ha prestazioni migliori), il modulo sqlite3, psycopg2 o qualsiasi altro driver di database che stai usando.
Un ORM (come SQLAlchemy) aiuta ad astrarre i dettagli del database che stai utilizzando. Questo ti permette di tenere alla larga i dettagli del sistema di database che stai utilizzando, evitando la possibilità di errori alcune volte (e introducendo la possibilità di altre) e rendendo banale il porting (almeno in teoria).
