Mysql
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Qual è il modo migliore per accedere a un database da PHP?

Quello che stai cercando è un modello relazionale a oggetti (ORM). Ce ne sono un paio diversi là fuori:

Se un ORM è troppo per il tuo progetto, dovresti semplicemente ricorrere a un'interfaccia DB generica come PDO e creare istruzioni preparate manualmente.