Puoi attivare o disattivare la clausola LIMIT aggiunta da MySQL Workbench tramite la scheda Editor SQL all'interno delle preferenze dell'applicazione (menu Modifica -> Preferenze...).
Deseleziona semplicemente l'opzione "Limita righe" nella sezione Risultati della query come mostrato di seguito.
MODIFICA:
In Workbench 6.0, la casella di controllo "Limita righe" si trova nella scheda "Query SQL" (nuova scheda della stessa forma).