Ho avuto lo stesso problema un paio di settimane fa. La cartella del database sul filesystem era di proprietà dell'utente sbagliato. Un semplice chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name ha fatto il trucco!
Tutto è spiegato qui:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (è italiano, ma è abbastanza chiaro)
Saluti
