I file di configurazione vanno bene. La causa principale è un bug nel pacchetto MySQL 5.6 per Ubuntu 16.04.
Se controlli il tuo /var/log/syslog probabilmente vedrai una riga come questa:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Uno strumento di sicurezza chiamato AppArmor sta negando l'accesso a un file con collegamento simbolico (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Prova questa soluzione alternativa, che consentirà la lettura dei collegamenti simbolici da mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Ora mysqld dovrebbe vedere la tua configurazione personalizzata.
Questo bug sembra essere stato corretto nel pacchetto MySQL 5.7 Ubuntu.
